同济大学的马克思主义理论教学最早可以追溯到1949年上海全部解放后。1949年6月6日，同济大学文学院、法学院积极响应上海市军管会复课号召，开设“社会发展史”“新民主主义论”等政治课。

下半年，同济大学教务处下设政治教育组。

将政治课“新民主主义论”改为“中国革命史”，并增加“马列主义理论课”。

开设“政治经济学”课。1953 年 9 月， 政治教育组改为马列主义教研室。

改为党史教研组、政治经济学教研组及马 列主义基础教研组。

学校开设政教班。

开设政治教育专业。

马列主义教研室被解散。

学校建立政治理论教研室，下设中共党史、政治经济学和哲学三个小组。

10月，教研室增设自然辩证法组。

2月，学校恢复马列主义教研室。

学校在党委宣传部设立德育教研室，负责学生思想品德教育（后并入社会科学系）。

1月，马列主义教研室扩建为社会科学系（简称社科系），其中中共党史、政治经济学和哲学教研室负责学生政治理论的教学。

10月，社科系的马克思主义理论教育（中国革命史）专业获得硕士学位授予权。

社科系建立了第一个硕士点马克思 主义理论教育（中国革命史）。

文法学院历经多次重组。

文法学院获得外国哲学、马克思主义 理论及思想政治教育 3 个二级学科博 士点。

7月10日，学校决定撤销文法学院，成立人文学院和法政学院。9月18日，学校决定法政学院下设法律学系、政治学系、社会学系、马克思主义理论（教学研究）部、知识产权学院；有法学、马克思主义理论、政治学3个一级学科和社会学、政治经济学、劳动经济学3个二级硕士点，以及马克思主义理论基本原理和思想政治教育2个博士点。9月，法政学院组建马克思主义理论（教育与研究）部（含经济学研究所），承担全校本科生、研究生思想理论课教学工作，负责学科建设的具体工作。

11月，同济大学在法政学院内成立马克思主义学院。

3月24日，法政学院行政建制改变，学院党委建制保留。法政学院分立为法学院、政治与国际关系学院和马克思主义学院。2009年4月，马克思主义学院正式独立为二级学院。5 月 23 日，同济大学马克思主义学院正式揭牌成立。马克思主义学院建立后，下设近现代中国国情教研部、中国马克思主义教研部、马克思主义基本原理教研部、思想政治教育教研部和国外马克思主义教研部、劳动经济研究院（即政法学院时期的经济研究所）、学术研究中心、科学发展研究所、教务办、学工办和综合办公室，另外还成立了若干学术研究机构。

9月，学院建立马克思主义理论一级学科博士后流动站。自学院成立，学校一直重视马克思主义学院的建设与发展。学校党委加强对马克思主义学院的领导，党委书记、校长直接联系马克思主义学院，学校党委副书记兼任学院党委书记，党委常委会、校长办公会、书记办公会定期研究马克思主义学院和学科发展问题，在资源配置、条件保障、队伍建设等方面给予马克思主义学院重点支持，推动马克思主义学院优先发展、优势发展、优质发展；成立马克思主义理论教学与学科建设领导小组，定期召开领导小组会议，研究解决马克思主义学院和学科建设发展中的重大核心问题。

6月，学院入选首批上海高校示范马克思主义学院建设单位。

1月，马克思主义理论学科被列入上海市高峰学科。

3月，学院获批马克思主义理论本科专业。

5月，获批马克思主义理论一级学科博士学位授权。
7月，学院入选第三批全国重点马克思主义学院。

2月，上海市委宣传部与同济大学共建马克思主义学院。

5月，获批上海高校重点马克思主义学院。